Les autorités partenaires ont pour missions, selon leur réglementation régionale ou nationale :
- de participer à la définition et à la mise en œuvre des outils de communication et d’assurer leur diffusion ;
- d’assurer la promotion et la publicité du programme ;
- d’identifier, dans une perspective de long terme, les nouvelles actions de coopération transfrontalière ;
- d’émettre un avis motivé, détaillé et conjoint sur l’opportunité de mise en œuvre du projet dans le cadre de l’instruction transfrontalière par sous-programme ;
- de vérifier la mobilisation des contreparties nationales nécessaire à la réalisation du projet et le cas échéant, d’engager celle-ci ;
- de suivre la mise en œuvre du projet sur le terrain notamment en déléguant aux réunions du comité d’accompagnement un de leurs représentants.